Специалист по молекулярному моделированию в стартап по разработке лекарств

Описание

Ligand Pro ищет квалифицированных специалистов в области структурной биоинформатики и молекулярного моделирования для работы над проектами, связанными с разработкой новых подходов к решению задачи молекулярного докинга и описанию взаимодействий типа белок-лиганд и белок-белок в целом.

Чем предстоит заниматься:

Собирать и автоматизировать пайплайны для расчета комплексов (оптимальной взаимной ориентации, энергии связывания, и др.) белок-лиганд и белок-белок методами молекулярной динамики.
Разрабатывать новые основанные на физико-химических свойствах молекул эмбеддинги для белков и лигандов с целью их дальнейшего использования при обучении ИИ моделей молекулярного докинга.
Осуществлять бенчмаркинг результатов ИИ моделей с помощью классических методов молекулярного моделирования.
Участвовать в подготовке публикаций в научных журналах и докладов на конференциях.

Какие необходимы навыки и знания:

Уверенное владение методом молекулярной динамики и его производными (приоритетны Metadynamics, Replica exchange simulations, Accelerated molecular dynamics, Alchemical transformations), знание принципов конструирования силовых полей AMBER, CHARMM, MARTINI, а также общих силовых полей для малых молекул (GAFF, CGenFF).
Опыт работы в пакете GROMACS и в сопутствующих программах, сервисах и библиотеках (PLUMED, Antechamber и ACPYPE, CHARMM-GUI, MDAnalysis и др.), в т.ч. в программах визуализации (VMD, PyMOL).
Опыт работы с программами для моделирования белковых структур и комплексов (AlphaFold, Boltz, I-TASSER).
Базовые навыки программирования на языке Python и работы в командной строке Unix.
Плюсом будут знания в области искусственного интеллекта в приложении к структурной биологии / хемоинформатике / разработке лекартсв, квантовой химии и навыки работы в соответствующих программных пакетах (ORCA, Gaussian, TeraChem и др.), знание языков программирования С++, C и CUDA.